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（一）基础资料的收集
在制定监测方案之前，应尽可能完备地收集欲监测水体及所在区域的有关资料，主要有:
(1) 水体的水文、气候、地质和地貌资料。
（2）水体沿岸城市分布，工业布局、污染源及其排污情况、城市给排水情况等。
（3）水体沿岸的资源状况和水资源的用途；饮用水源分布和重点水源保护区；水体流域土地功能及近期使用计划等。
（4）历年水质监测资料。
（二）监测断面和采样点的设置
1.设置原则
（1）在对调查研究结果和有关资料进行综合分析的基础上，根据水体尺度范围，考虑代表性、可控性及经济性等因素，确定断面类型和采样点的数量，并不断优化。
（2）有大量污水排入江河的主要居民区、工业区的上游和下游，支流与干流汇合处，入海河流河口及受潮汐影响河段，国际河流出入国境线出入口，湖泊、水库出入口 ，应设置断面监测断面。
（3）饮用水源地和径流主要风景游览区、自然保护区，以及与水质有关的地方病发区、严重水土流失区及地球化学异常区的水域或河段，应设置监测断面。
（4）监测断面的位置要避开死水区、回水区、排污口处，尽量选择水流平稳、水面宽阔、无浅滩的顺直河段。
（5）监测断面应尽可能与水文测量断面一致，要求有明显岸边标志。
2.河流监测断面的布设
为评价完整江河水系的水质，需要设置背景断面、对照断面、控制断面和消减断面。
（1）背景断面：设在基本上未受人类活动影响的河段，用于评价一完整水系的污染程度。
（2）对照断面：为了解流入监测河段前的水体水质状况而设置。
（3）控制断面：为评价监测河段两岸污染源对水体水质的影响而设置。
（4）消减断面：是指河流收纳废水和污水后，经稀释扩散和自净作用，使污染物浓度显著降低的断面，通常设在城市或工业区最后一个排污口下游1500m以外的河段上。
3.湖泊、水库监测垂线的布设
湖泊、水库通常只设监测垂线，当水体复杂时，可参照河流的有关规定设置监测断面。
（1）在湖的不同水域，如金水区、出水区、深水区、湖心区、岸边区，按照水体类别和功能设置监测垂线。
（2）湖区若无明显功能区别，可以网格法均匀设置监测垂线，其垂线数根据湖面积、湖内形成环流的水团数及入湖河流数酌情确定。
4.海洋
根据污染物在较大面积海域分布不均匀性和局部海域的相对均匀性的时空特征，在调查研究的基础上，运用统计的方法将监测海域划分为污染区、过渡区和对照区，在三类区域分别设置适量的监测断面和采样曲线。
5.采样点位的确定
对于江、河水系，当水面宽 <50m时，只设一条中泓垂线；当水面宽50-100m时，在左右近岸有明显水流处各设一条垂线；水面宽>100时，设左、中、右三条垂线
在一条垂线上，当水深小于5m时，只在水面下0.5m处设一个采样点；水深不足1m处，在1/2水深处设采样点；水深5-10m时，在水面下0.5m处和河底以上0.5m处各设立一个采样点；当水深大于10m时，设立三个采样点，即水面下0.5处、河底以上0.5m处以及1/2水深处各设立一个采样点。
湖泊、水库监测垂线上的采样点的布设与河流相同，但如果存在温度分层现象，应先测定不同水深处的水温、溶解氧等参数，确定分层情况后，再决定垂线上采样点位和数目，一般除在水面下0.5m和水底上0.5m处设点外，还要在每一斜温分层1/2处设点
海域的采样点也根据水深的分层设置，如水深50-100m，在表层、10m层、50m层和底层设采样点。
监测断面和采样点位确定后，其所在位置应有固定的天然标志物，使每次采集的样品都取自同一位置，保证其代表性和可比性。
（三）采样时间和采样频率的确定
我国水质监测规范要求如下：
（1）饮用水源地全年采样监测12次，采样时间根据具体情况选定。
（2）对于较大的水系干流和中小河流，全年采样监测的次数不得小于6次。采样时间为丰水期、枯水期和平水期，每期采样2次
（3）潮汐河流全年在丰、枯、平水期采样监测，每期采样两天，分别在大潮期和小潮期进行。
（4）设有专门监测站的湖泊、水库，每月采样监测一次，全年不少于12次。
（5）背景断面每年采样一次，在污染可能较重的季节进行。
（6）排污渠每年采样监测不少于三次。
（7）海水水质常规监测，每年按丰、平、枯水期或季度采样监测2-4次
（四）采样及监测技术的选择
要根据监测对象的性质、含量范围及测定要求等因素选择设当的采样、监测方法和技术。
（五）结果表达、质量保证及实施计划
水质监测所得的众多化学、物理以及生物学的监测数据，是描述和评价水环境质量，进行环境管理的基本依据，必须进行科学地计算和处理，并按照要求的形式在监测报告中表达出来。
质量保证概括了保证水质监测数据正确可靠的全部活动和措施。质量保证贯穿监测工作的全过程。
实施计划是实施监测方案的具体安排，要切实可行，使各个环节工作有序、协调地进行。
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