在制定环境监测方案过程中应遵循以下基本原则：一是经济、实用的原则。在制定监测方案、设计技术路线、配置技术装备时，应做费用效益分析，尽量做到既符合实际要求，又节约费用。二是优先污染物优先监测的原则。优先污染物包括：毒性大、危害严重、影响广的污染物；污染呈明显增加趋势，对环境具有危险的污染物；具有广泛代表性的污染物质等。三是全面规划、合理布局的原则。环境问题的复杂性要求在制定监测方案时全面规划、合理布局，不同情况采取不同的监测技术路线进行监测，以获得最多的环境信息。同时，监测单位应严格按照环境评价单位提供的监测方案进行监测，在监测过程中最好有环境评价单位参与该项目监测方案制定的人员进行协助监测。当监测方案执行有困难时，应及时与环境评价单位进行联系。监测采样时应注重对外界环境的观测，严禁在监测采样技术导则所禁止的条件下进行工作；采样中遇到异常情况，应在监测报告中予以说明。环境检测的全过程应严格遵循质量保证和质量控制原则，以正确反映环境质量及其时空变化。